زمانى برادر او امامقلى خان از دستش به تختگاه اصفهان پناهنده شده بود ، پس از خلع يد بوسيله فرزندش عبد العزيز در دربار ايران پناه گرفت و اوضاع را با يارىطلبى خود از مغول اعظم براى دخالت نظامى ، وخيم‌تر كرد . با دخالت ايران بين پدر و فرزند صلح و آشتى برقرار شد ، ولى اين وضع تنها تا آغاز دهه پنجاه به طول انجاميد . نزاع جديد كه باز موجب پناهنده‌شدن ندر محمد خان به دربار اصفهان شد ، با مرگ وى خاتمه يافت « 1 » . ايران از اين زمان به بعد ، ظاهرا مشكل مهمى با همسايگان ازبك خود پيدا نكرد . درخواست كمك ندر محمد خان به شاه جهان رسيد و وى مشغول تهيه تداركات حمله به ماوراء النهر شد و هدف او نيز تأمين راهى به موازات هندوكش از بدخشان و بلخ بود يعنى موقعيتى كه خان بخارا كاملا از آن بىاطلاع بود . تعجبى نداشت كه قشون هندى ( كه ندر محمد خان به كمك آنها دلبسته بود ) هدف ضميمه سرزمين او را به امپراتورى خود در سر داشته باشند . مغولان اعظم از سلسله‌هاى تيمورى بودند كه همواره فتح و اشغال ماوراء النهر بعنوان تعهد موروثى را در سر مىپختند چون آنجا را ميراث جد خودشان ظهير الدين بابر مىدانستند كه نسل‌به‌نسل منتقل شده است و به ياد مىآوردند كه بابر عقيده بازگشت به سمرقند را حتى در زمانى هم كه اين كار ديگر امكان نداشت ، رها نكرد . پيشروى هندوان در آسياى مركزى سرانجامى مصيبت‌بار داشت - در اصفهان اين پيشروى نقشه ديرينه فتح قندهار را كه از زمان مرگ شاه صفى فراموش شده بود ، بار ديگر زنده كرد . شاه در پائيز سال 1058 / 1648 لشكريان خود را با حمايت توپخانه به درون افغانستان سوق داد و توانست قندهار و قلاع پيرامون آن را پيش از آنكه قواى كمكى هندوان به سركردگى شاهزاده اورنگ زيب از راه برسد ، تصرف كند . ضد حمله هندوان سودى نداشت لذا به ناچار رها شد . حتى زمانيكه خود جهانشاه ، دو سال بعد ، در رأس لشكرى مركب از فيلان و توپخانه وارد منطقه شد ، باز عليرغم يك محاصره ده‌هفته‌اى ، پيروزى حاصلش نشد . وليعهد داراشكوه كار او را در سال 1653 م . ادامه داد ولى او هم طرفى نبست . حمله او را ، اوتارخان عقب راند ؛ اوتارخان يكى از اعضاى سابق هيأت سياسى ارسالى هند به ايران بود و در امور هند سرشته كامل داشت و در اين زمان به نفع حاكم شاه وارد عمل شده بود . قندهار برغم تلاشهاى هند ، حتى پس از پايان دوران صفوى در دست ايران باقى ماند ، تا اينكه در ميانه سده دوازدهم / هيجدهم بخشى از دولت

--> ( 1 ) - براون ، Das Erbe Schah Abbas I ، ص 62 اين بحران را در سال 1653 م . مىنويسد . طبق گفته لافت ، Iran Unter Schah Abbas II ، ص 140 ندر محمد در سال 1650 م . تبعيد شد و هنگامى كه قصد زيارت مكه را داشت در اواخر همان سال در بسطام درگذشت .